Równie ważna jak troska o zdrowie ciała jest opieka duchowa.

Mieszkańcy Tęczowego Domu mają możliwość rozmowy ze swoimi duszpasterzami. Są przygotowywani do sakramentów św. Uczniowie szkoły korzystają z katechezy.

Kilka razy w roku chłopcy mogą na miejscu skorzystać ze spowiedzi.

Organizowane są okazjonalne Msze św., a w Adwencie i Wielkim Poście dwudniowe rekolekcje.